Παρά ταύτα η τοπική κουζίνα του νησιού, με όχημα ορισμένα μοναδικά προϊόντα του τόπου, εξακολουθεί να εμπνέει σε κάποιο βαθμό τη σύγχρονη γαστρονομική σκηνή ενώ παραμένει ζωντανή σε αρκετές ταβέρνες και σίγουρα στα σπίτια.
Η φάβα, τα ξερικά ντοματάκια, η λευκή μελιτζάνα, τα αρτοποιήματα από κριθάρι, οι ελιές και βεβαίως ο σαντορινιός αμπελώνας, προϊόντα του άνυδρου, ηφαιστειογενούς εδάφους, αλλά και τα λίγα αλλά εκλεκτά τυριά της, πρωταγωνιστούν με την δυνατή νοστιμιά τους.
Η διάσημη φάβα Σαντορίνης (ΠΟΠ) που είναι η βάση για μια ολόκληρη σειρά παραδοσιακών φαγητών (σούπα, κεφτέδες, φάβα παντρεμένη με κρεμμύδια, κλπ) ύστερα από περίοδο εγκατάλειψης έχει αρχίσει και πάλι να καλλιεργείται συστηματικά κάτω από την πίεση της ζήτησης από τους μάγειρες για αυτό το γκουρμέ προϊόν.
Το ντοματάκι Σαντορίνης (ΠΟΠ) με τα συμπυκνωμένα αρώματα και τα παράγωγά του (πελτές) είναι άλλο ένα πεντανόστιμο προϊόν. Ύστερα από τη μεγάλη ακμή της καλλιέργειας και της επεξεργασίας του, που στο Μεσοπόλεμο έφερε μεγάλο πλούτο στο νησί, εγκαταλείφθηκε για να ξαναέρθει στο προσκήνιο με περιορισμένες καλλιέργειες, ιδιαιτέρως μετά την αναγνώρισή του ως ΠΟΠ προΪόν το 2013.
Εκτός από το διάσημο ντοματάκι υπάρχουν και άλλα μοναδικά κηπευτικά στο νησί, όπως η λευκή γλυκιά μελιτζάνα με τους ελάχιστους σπόρους αλλά και η πράσινη μελιτζάνα, τέλεια για τηγάνι. Υπάρχουν ακόμα τα στρογγυλά κολοκυθάκια, το «κατσούνι» είδος αγγουριού με λίγα σποράκια (που στην υπόλοιπη Ελλάδα το λένε ατζούρι ή ξυλάγγουρο) και αν δεν κοπεί στην στην ώρα του εξελίσσεται σε «καούνι», ένα μικρό πεπονάκι, οι ξερικές πατάτες.
Η μορφολογία του εδάφους του νησιού δεν προσφέρεται για συστηματική κτηνοτροφία και τα λίγα ζώα που υπάρχουν βοοειδή και κυρίως κατσίκια, δεν δίνουν τόσο γάλα ώστε να μπορεί να αξιοποιηθεί για την παραγωγή τυριών προς εκμετάλλευση. Παρόλα ταύτα, σε οικιακό επίπεδο παράγεται το παραδοσιακό τυρί της Σαντορίνης «χλωρό» ή «χλωροτύρι» από κατσικίσιο απαστερίωτο γάλα που τρώγεται φρέσκο ή συντηρημένο σε άλμη.
Η κάπαρη ήταν και είναι βασικό στοιχείο της παραδοσιακής κουζίνας. Τα καπαρόκουμπα παστώνονται με αλάτι, αποξηραίνονται ή γίνονται τουρσί σε ξύδι όπως και τα φύλλα. Σχετικά άγνωστο είναι πως στη Σαντορίνη υπάρχουν πολλά μανιτάρια που τρώγονται κυρίως τηγανητά. Από τα πιο νόστιμα άγρια χόρτα είναι οι σπάνιες και δυσεύρετες καρδαμίδες (αλλού τις λένε θαλασσόβρουβες ή θαλασσινή ρόκα), που τελευταία ξεκίνησε η καλλιέργειά τους.
Ενδιαφέρον παρουσιάζουν το παραδοσιακό ψωμί και τα παξιμάδια που φτιάχνονταν από κριθαράλευρο, αφού το σιτάρι ήταν ελάχιστο -τα κριθαροπαξίμαδα πωλούνται ακόμα και σήμερα στους φούρνους. Όλα τα πασχαλινά αρτοποιήματα, δηλαδή τα παξιμάδια που λέγονται “χαλάκια”, τα κουλουράκια αμμωνίας, οι “κουτσούνες” (ανθρωπόμορφες κουλούρες), τα «παξιμάδια του ζαφορά», αρωματίζονται και παίρνουν το κίτρινο χρώμα του ζαφορά όπως λένε στη Σαντορίνη τον αυτοφυή κρόκο του Καρτράιτ ( C cartwrightianus).
Την Άνοιξη φτιάχνουν και την «ζαφοριστή τυρόπιτα» με φρέσκο τυρί, αρτυμένη με ζαφορά και μοσχοκάρυδο και τις «φεσκουλιές» δηλαδή φρατζολάκια γεμιστά με φέσκουλα (σέσκουλα), αυγά, άνηθο και πιπέρι.
