Τα Πρότυπα Σχολεία, όπως και άλλα εκπαιδευτικά ιδρύματα με ιδιαίτερες προδιαγραφές ή επιλεκτική εισαγωγή, αποτελούν σημεία αναφοράς στο ελληνικό εκπαιδευτικό τοπίο. Η λειτουργία τους εγείρει, ωστόσο, ένα θεμελιώδες ερώτημα που διχάζει την εκπαιδευτική κοινότητα και την κοινωνία: Προάγουν την αριστεία για ένα μικρό, επιλεγμένο τμήμα μαθητών, ή μήπως η έμφαση σε αυτά αποδυναμώνει τον στόχο της παροχής ποιοτικής εκπαίδευσης για το σύνολο του μαθητικού πληθυσμού;
Οι υποστηρικτές των Πρότυπων και άλλων επιλεκτικών σχολείων τονίζουν την ανάγκη να δημιουργηθούν περιβάλλοντα όπου οι πιο προικισμένοι μαθητές μπορούν να αναπτύξουν πλήρως τις δυνατότητές τους. Θεωρούν αυτά τα σχολεία ως φυτώρια ταλέντων, κέντρα καινοτομίας και πρότυπα που μπορούν να λειτουργήσουν ως παραδείγματα βέλτιστων πρακτικών για το υπόλοιπο σύστημα. Η άποψη αυτή εστιάζει στην καλλιέργεια της αριστείας και στην προετοιμασία μαθητών για υψηλές ακαδημαϊκές και επαγγελματικές πορείες.
Από την άλλη πλευρά, εκφράζονται έντονες ανησυχίες για την πιθανή όξυνση των εκπαιδευτικών και κοινωνικών ανισοτήτων. Η κριτική εστιάζει στο γεγονός ότι αυτά τα σχολεία, συχνά με ενισχυμένους πόρους και καλύτερες υποδοχές, μπορεί να συγκεντρώνουν τους καλύτερους μαθητές και εκπαιδευτικούς, αποδυναμώνοντας έτσι τα σχολεία της «γειτονιάς». Αυτό μπορεί να οδηγήσει στη δημιουργία ενός συστήματος δύο ταχυτήτων, όπου η ποιότητα της εκπαίδευσης εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την επιλογή ή τη δυνατότητα πρόσβασης σε συγκεκριμένες δομές. Υποστηρίζεται ότι η προτεραιότητα θα έπρεπε να είναι η συνολική αναβάθμιση της δημόσιας εκπαίδευσης, ώστε κάθε παιδί, ανεξάρτητα από την προέλευση ή τον τόπο κατοικίας του, να έχει πρόσβαση σε ένα ποιοτικό σχολείο.
Στην ελληνική πραγματικότητα, το δίλημμα αυτό γίνεται ακόμη πιο περίπλοκο, λαμβάνοντας υπόψη τις υπάρχουσες αδυναμίες του γενικού δημόσιου σχολείου. Η συζήτηση για την αριστεία μέσω επιλεκτικών σχολείων, όπως τα Πρότυπα ή αναφορές σε ιδρύματα όπως τα Ωνάσεια (ως παραδείγματα υψηλών προδιαγραφών), συχνά αναδεικνύει την ανάγκη για ευρύτερες μεταρρυθμίσεις που θα διασφαλίσουν ένα υψηλό επίπεδο εκπαίδευσης για όλους.
Το ερώτημα αν τα Πρότυπα και επιλεκτικά σχολεία εξυπηρετούν την αριστεία για λίγους ή αντιβαίνουν στην ποιοτική εκπαίδευση για όλους, αντανακλά μια διαρκή αναζήτηση για την ισορροπία μεταξύ της προώθησης των ταλαντούχων μαθητών και της διασφάλισης της ισότητας ευκαιριών. Μια ολοκληρωμένη προσέγγιση θα πρέπει να αναγνωρίζει την αξία τόσο της αριστείας όσο και της καθολικής ποιότητας, στοχεύοντας στην αναβάθμιση του συνόλου του εκπαιδευτικού συστήματος, ώστε η ποιοτική εκπαίδευση να μην είναι προνόμιο, αλλά δικαίωμα για κάθε μαθητή.
